21 września 1996 roku odbyła się uroczystość nadania szkole imienia Świętego Stanisława Kostki. Obchody rozpoczęły się mszą św., podczas której poświęcono sztandar szkoły. Natomiast w szkole nastąpiło odsłonięcie i poświęcenie tablicy pamiątkowej.

Kolejni dyrektorzy szkoły

1. Franciszek Baziński 1919-1958
2. Jan Sala 1958-1968
3. Janina Motyka1968-1974
4. Jerzy Olko 1974-1981
5. Stefania Filipczak 1981-1982
6. Bogusława Żarska 1982-1984
7. Henryk Stępniowski 1984-1987
8. Roman Uchwat 1987-1992
9. Justyna Twardosz 1992-1999
10. Bogusław Żyła 1999-2003
11. Marta Zubek od 2003

Budowa nowego budynku szkoły

10 kwietnia 1989 roku Kuratorium Oświaty i Wychowania w Krakowie przekazało Urzędowi Miasta i Gminy w Myślenicach prawa i obowiązki inwestora bezpośredniego w zakresie budowy budynku Szkoły Podstawowej w Krzyszkowicach. Przekazano też kwotę w wysokości 140 mln zł.

25 września 1989 nastąpiło wstępne przekazanie kluczy przez KMB "Zachód" dyrektorowi szkoły p. Romanowi Uchwatowi do części dydaktycznej budynku. Nie dokończono kotłowni CO oraz części administracyjnej.

Pierwsza uroczysta Rada Pedagogiczna w nowej szkole odbyła się 17 października 1989 roku. Nauczyciele oglądali i podziwiali nowe, jasne sale lekcyjne korytarze.

7 lutego 1990 r. nastąpił częściowy odbiór części dydaktycznej szkoły bez Sali gimnastycznej, zaplecza administracyjno-socjalnego oraz przedszkola. W kilka dni później, 12 lutego nauczyciele i młodzież uroczyście przeszli do nowego obiektu.

Nastał czas porządkowania terenu przyszkolnego. Przestronne sale lekcyjne, nowy sprzęt szkolny i pomoce dydaktyczne bardzo poprawiły warunki pracy nauczycieli i uczniów.

Nowy rok szkolny 1990/1991 rozpoczęto 1 IX o godzinie 14.00 na placu przed budynkiem szkolnym, gdzie została odprawiona msza św. przez miejscowego proboszcza ks. Antoniego Pasko. Następnie miało miejsce poświęcenie budynku. W uroczystości wzięli udział przedstawiciele władz gminy Myślenice, kuratorium, KBM "Zachód", nauczyciele, odziały straży pożarnej oraz młodzież i licznie zgromadzeni mieszkańcy wsi. Obecna była również Telewizja Kraków, która 2 IX odtworzyła fragmenty uroczystości w kronice krakowskiej. Po mszy św. młodzież wystąpiła z programem artystycznym. Z okazji tej uroczystości uczestnicy ofiarowali "wolne datki" na rzecz szkoły, za które komitet rodzicielski zakupił dla szkoły pianino.

Echa tego wydarzenia znalazły swoje odbicie w twórczości poetyckiej Władysława Sali - pochodzącego z Krzyszkowic, obecnie mieszkającego w Warszawie. Jest on autorem wiersza noszącego tytuł "W domu naszym"

Niestety, z powodu braku funduszy władze podjęły decyzję o wstrzymaniu dalszej budowy. KBM "Zachód" opuścił budowę. W budynku pojawiły się liczne usterki. Liczne posiedzenia komisji wad i usterek niewiele wnosiły, gdyż do ich likwidacji brakowało środków finansowych.

W VI 1992 r. KBM "Zachód" odstąpił od umowy na realizację budowy, na co kuratorium wyraziło zgodę. Budynek był tylko w części wykończony, pozostałe pomieszczenia niszczały i czekały na wykończenie. Także otoczenie szkoły nie zostało uporządkowane. Znaczną część tych prac wykonali mieszkańcy wsi, uczniowie i nauczyciele.

(źródło: Kronika Szkoły)