Dnia 23 września 1895 r. podpisano akt fundacyjny, według wzoru podanego przez Namiestnictwo we Lwowie, określając w nim wszystkie stosunki prawne przyszłej parafii. Akt erekcji probostwa w Krzyszkowicach w imieniu Ministerstwa Oświaty i Wyznań podpisał Eustachy Sanguszko. Tak, że dnia 18 sierpnia 1896 r. nastąpiła kanoniczna instalacji czyli wprowadzenie na urząd pierwszego proboszcza parafii Krzyszkowic - dawniejszego ekspozytura ks. Józefa Macaka.
Ówczesny kościół nie mógł pomieścić wiernych. Ks. bs Anatol Nowak w czasie wizytacji kanonicznej 30 sierpnia 1902 r. zachęcił parafian do rozbudowy kościoła, ale dopiero w roku 1933 sprawa rozbudowy zaczęła nabierać realnych kształtów. W dniu 24 kwietnia 1934 r. rozpoczęto budowę nowej części kościoła, a już w listopadzie 1934 r. odbyło się jego poświęcenie w poszerzonym kształcie.

Kapłani pracujący w Krzyszkowicach
•  Pierwszym proboszczem w parafii Krzyszkowice został mianowany ks. Józef Macak rodem z Jordanowa. Pracował bardzo gorliwie, zakładał różne bractwa. Zmarł 30 września 1922 roku.
•  Przez jeden rok pracował tymczasowo ks. Jan Baran.
•  Od 23 lutego 1923 do 4 września 1935 roku proboszczem był ks. Władysław Pytel rodem z Niepołomic.
•  Od 7 listopada 1935 do 1 sierpnia 1964 obowiązki proboszcza pełnił ks. Stanisław Chramiec z Zakopanego. W 1956 roku poważnie zachorował i mimo, że Krzyszkowice były małą parafią (coś ponad 1000 wiernych), przydzielono do pomocy wikariusza ks. Stanisława Kowalika rodem z Bystrej Podhalańskiej, który pracował  u nas 3 lata. Następnymi wikariuszami byli księża: Zenon Jasieczko, Ignacy Sidzina, Eugeniusz Kowalczyk, Jan Wydra i Ludwik Ponurski.
•  Po rezygnacji ks. Stanisława Chramca w roku 1964 z probostwa w Krzyszkowicach, pracowali już w pojedynkę sami proboszczowie bez wikarych. Po ks. Chramcu na probostwo przyszedł ks. Jan Ryznar (sprawował je do 18 grudnia 1971).
•  Po nim ks. Tadeusz Zalarski (do stycznia 1984).
•  Następnie ks. Antoni Pasko, który pięknie przebudował części gospodarcze plebanii na sale katechetyczne. Był proboszczem do 1993 roku.
•  Od czerwca 1993 r. proboszczem jest ks. Stanisław Kasela, który wziął się do ciężkiej i kosztownej pracy: konserwacji kościoła, złoceń ołtarzy i figur. Odstąpił część ogrodu plebańskiego pod parking przy kościele.
Proboszczowi przydzielono wikariuszy początkowo wikarym przez 2 lata był ks. Łukasz Kotarba, następnie od sierpnia 2007r.  przez rok  ks. Tomasz Stec, a od 26 sierpnia 2008r. zmienił go ks. Marek Zemła.

Kapłani pochodzący z Krzyszkowic
Pierwszym kapłanem urodzonym w Krzyszkowicach był o. Mateusz Cholewa, karmelita. Następni to księża: Józef Motyka, prof. Władysław Wicher, Jan Pitala, Andrzej Baziński, Władysław Łęcki, Henryk Szlachetka, Jan Sala, Stanisław Baran, Stanisław Ożóg - salwatorianin, Mieczysław Zawiski - salwatorianin, wyświęcony w 1966 roku, autor pracy magisterskiej o Krzyszkowicach " Dzieje parafii pod wezwaniem świętej Anny w Krzyszkowicach w latach 1896 - 1984 " , ks. Marcin Twardosz wyświęcony w 2002 roku.